Klíšťata jsou cizopasníci, kteří ke svému životu potřebují krev. Všechna vývojová stadia klíšťat (larvy, nymfy a dospělci) se vyskytují v přírodě od března do listopadu. Larev je nejvíce. Z 2 000 vajíček se vyvine 100 larev, z nichž část přežije a vznikne 10 nymf. Z tohoto počtu se vytvoří 5 dospělých klíšťat. Všechna stádia klíštěte jsou však nebezpečná, protože i larvy a nymfy se mohou přisát a nakazit hostitele virem klíšťové encefalitidy. Během svého životního cyklu vystřídá klíště několik hostitelů. V České republice můžeme nalézt asi 17 druhů klíšťat. Pro člověka je však nejnebezpečnější klíště obecné.
Samička klíštěte je schopna sát na těle až dva týdny. Během této doby se může zvětšit až třistakrát. Okamžik přisátí klíštěte hostitel zpravidla necítí. Do rány klíště vylučuje směs látek, které tiší bolest a brání srážení krve. Teprve později začne rána nepříjemně svědit. To už je však klíště přisáté a virus klíšťové encefalitidy se dostal se slinami do organizmu, kde se velmi rychle množí. Za pevné uchycení klíštěte v pokožce je zodpovědné sací ústrojí se zpětnými háčky, klíště je v pokožce jako přilepené.
Přírodními ohnisky nákazy KME jsou lesní mýtiny a okraje lesů s nízkým listnatým podrostem do nadmořské výšky asi 800 m. V Čechách a na Moravě jde většinou o oblasti podél vodních toků nebo vodních nádrží. Nejznámější takové endemické oblasti jsou v jižních Čechách podél řek Vltavy a Malše, oblast přehrad Lipno, Orlík, Slapy, poříčí Berounky a Sázavy, přehrady ve Slezsku a u Brna. V uvedených endemických oblastech jsou nejvýhodnější podmínky pro množení klíšťat - dostatečná vlhkost půdy, hojnost podrostu a přítomnost hostitelských živočichů.
Trvalý výskyt klíšťové encefalitidy v endemických oblastech je patrně dán omezeným životním prostorem drobných hlodavců, kteří jsou hlavním rezervoárem nákazy. Ptáci a větší savci mohou nákazu přenést do dalších, vzdálenějších oblastí. Rezervoárem viru klíšťové encefalitidy proto jsou především lesní myšovití hlodavci - jako norník rudý a myšice lesní, ale k nákaze dochází i u dalších živočichů, na nichž parazitují klíšťata a jejich vývojové formy. Ze savců jsou to veverky, králíci, kuny, lišky i vysoká zvěř, ale i ptáci a plazi. Zdrojem nákazy pro člověka mohou být i ovce, kozy a krávy, které se nakazí, když se pasou na okrajích lesů. K onemocnění může dojít po požití nepasterizovaného mléka.