Většina vakcín by se měla skladovat při lednicové teplotě 2-8°C, neměla by zmrznout a neměla by být vystavena slunečnímu svitu. Toto je obecné doporučení výrobců očkovacích látek, které je-li zachováno, pak lze vakcínu používat po celou dobu její použitelnosti (1-4 roky dle komerčního typu vakcíny).
K cílenému přerušení chladového řetězce skladování dochází transportem vakcíny z lékárny k lékaři, který vakcínu aplikuje. Zhruba 8hodinové (maximálně 24hodinové) vystavení vakcíny okolním teplotám do 25°C se považuje za toleranci chladového řetězce, která neovlivňuje kvalitu očkovací látky. Někdy výrobce vybavuje krabičku jednoduchým indikátorem teploty, který se zabarví, pokud vyšší než skladovací teplota působila na přípravek déle než bezpečně, tj. asi 24-48 hodin).
Mimo to je třeba vědět, že každá vakcína je podstoupena testu tzv. zrychlené stability, tj. za podmínek teploty až 37°C a vlhkosti až 90 %. Tyto studie potvrzují teplotní stabilitu účinných i pomocných látek a podmínkou je přetrvávání minimálně 5-7 dní či déle podle zvolené teploty a vlhkosti. Testy se stávají součástí registrační dokumentace (vyžadováno všemi lékovými agenturami).
Podmínky chladového řetězce jsou bez problému splnitelné v průmyslově vyspělých státech subtropického či mírného klimatického pásma. Problémovými se stávají v rozvojových zemích tropického pásma. Proto výrobci pro manipulaci s vakcínami v těchto podmínkách mají k dispozici specifické studie stability vakcín při exponovaných teplotách, případně i vlhkosti. Pro většinu vakcín platí, že je-li skladována 5-7 dní při teplotách kolem 37°C, její kvalita je zachována, ovšem její doba použitelnosti se významně zkracuje (tj. někdy lze vakcínu ještě používat několik měsíců, pokud se opětovně umístí do lednice a skladuje se tak při 2-8°C).
Skladování při teplotách nižších než 0°C se pro většinu vakcín nedoporučuje a dokonce je zmrznutí vakcín považováno vždy za velmi rizikové a negativně ovlivňující kvalitu vakcíny. Výjimkou bývají tzv. lyofilizované (suché) vakcíny (např. proti hemofilovým nákazám typu b), kterým krátkodobé zmrznutí nevadí nebo živé rovněž lyofilizované vakcíny (proti spalničkám, příušnicím a zarděnkám či planým neštovicím), které se v minulosti dokonce výhradně skladovaly při těchto teplotách.
Je-li třeba vakcínu před použití rekonstituovat, tj. rozpustit v odpovídajícím roztoku (jedná se o lyofilizované vakcíny), pak se považuje za vhodné ji použít relativně brzy po rekonstituci (do 30 minut), ne však déle než 4 hodiny (případně 8 hodin - tzv. maximálně po dobu pracovní doby jednoho dne). Je-li vakcína podávána déle než 30 minut po rekonstituci, pak se uchovává v lednici (v temnu) při teplotě 2-8°C, maximálně po dobu 8 hodin.
Před očkováním je možné vakcínu temperovat na tělesnou teplotu očkovance (někdy je tento postup doporučen také výrobcem dané vakcíny). To se provádí banálním vložením vakcíny do dlaně (ampule či injekce se netře) a nechá se samovolně po dobu 5-10 minut temperovat (až "vakcína" přestane v dlani chladit). Temperování vakcín je pouze volitelné, nikoli nezbytně nutné, neboť neovlivňuje ani účinnost ani bezpečnost očkování. Provádí se spíše kvůli chladnému pocitu očkování netemperovanou vakcínou.
Před očkováním se vždy zkontroluje vzhled vakcíny, který by měl odpovídat vzhledu popsanému výrobcem v příbalové informaci či SPC (vzhled může být bezbarvý, mírně opalescentní, mléčná suspenze, zabarvený od bílé, přes žlutou až po fialovanou apod.). Významným kritériem nepoužitelné vakcíny bývají viditelné hrudky, vločky, chloupky/vlásky, jiné zabarvení apod. Pokud vzhled vakcíny neodpovídá, je třeba vždy takovou vakcínu vyřadit a dále nepoužívat (a to bez ohledu na to, zda byla řádně skladována).
Dojde-li k dílčímu porušení skladového řetězce, tj. skladování při teplotě vyšší než 8°C po dobu delší než 24 hodin (neuvádí-li výrobce dané vakcíny rozšířené podmínky skladování), lze vakcínu ještě individuálně použít za těchto předpokladů:
- teplota nebyla vyšší než 25 °C,
- porušení teploty nebylo delší než 3 dny,
- vzhled vakcíny odpovídá výrobcem předepsanému vzhledu.
Takto skladovaná vakcína by se měla spotřebovat co nejdříve (nejlépe do 3 měsíců), i když některé komerční vakcíny za těchto okolností svou dobu použitelnosti neztrácejí. Rovněž je třeba zmínit, že žádný z výrobců nepřijímá zodpovědnost za takovéto porušení skladového řetězce (pokud to individuálně nepotvrdí např. v SPC nebo příbalové informaci či konkrétním vyjádření k dané situaci). Odpovědnost zůstává na očkovanci či lékaři, který vakcínu aplikuje.