Každá vakcína je dodávána s příbalovou informací, kde jsou kromě jiného uvedené všechny kontraindikace pro daný druh očkování s ohledem na konkrétní očkovací látku. Navíc existuje souhrn vlastností přípravku (tzv. SPC), ve kterém se uvádějí některé specifikace podrobněji. Někdy však obecná ustanovení se liší od těch uváděných v příbalové informaci nebo SPC od výrobce. Například podle ACIP není očkování proti virové hepatitidě typu B v těhotenství kontraindikováno, zatímco výroci uvádějí, že v těhotenství je toto očkování možné pouze tehdy, pokud je nezbytně nutné.
Kontraindikace a upozornění mohou být obecná a platí pro všechny typy vakcín, nebo mohou být specifická pro jednu či více vakcín. Pro všechny vakcíny platí:
Skupinovou obecnou kontraindikací může být také imunosupresivní léčba či opakovaně laboratorně prokzané imunodeficitní onemocnění pro očkování živými vakcínami. Přesto existují u těchto pacientů okolnosti, za kterých je možné u nich očkování živými vakcínami provádět, např. nízké dávky kortikosteroidů, HIV s nízkým stupněm imunosuprese, relativně dostatečná hladina CD4+ T-lymfocytů (>25 %) apod.
Podobně je očkování některými živými vakcínami (MMR, OPV, žlutá zimnice a plané neštovice) kontraindikováno u těhotných žen, u nichž existuje teoretické riziko pro plod. Přesto existují situace (očkování OPV, očkování proti žluté zimnici), kdy lékař musí zvážit toto teoretické riziko vzhledem k ohrožení infekčním onemocněním s možnými vážnými následky pro těhotnou matku a její plod.
V žádném případě nelze podceňovat kontraindikace i upozornění pro každé očkování, přesto však při přehnané opatrnosti může lékař mylně považovat stav očkované osoby za kontraindikaci pro imunizaci.
Obecné tzv. falešné kontraindikace jsou: